Die Geschichte des Johann-Adam-Möhler-Institutes ist nicht ohne die ökumenischen Wegbereiter in der Kirche von Paderborn zu denken. An der Philosophisch-Theologischen Akademie hatten vor allem die Professoren Paul Simon, Adolf Herte und Norbert Peters schon vor dem Zweiten Weltkrieg entscheidende Vorarbeiten für eine Annäherung zwischen den getrennten Kirchen geleistet.

Simon war einer der ersten katholischen Autoren, die sich mit der Ökumenischen Bewegung auseinandersetzten; er leitete katholischerseits die erste interkonfessionelle Theologenkonferenz. Herte legte eine bedeutende Studie zur Entwicklung des katholischen Lutherbildes vor. Peters förderte als Alttestamentler die Begegnung mit der protestantischen Exegese und trug wesentlich zur Etablierung der Textkritik im katholischen Raum bei. Simon, seit 1933 Dompropst, und Lorenz Jaeger, seit 1941 Erzbischof, unterhielten in der Zeit des Dritten Reiches zahlreiche ökumenische Kontakte, die wegen der geheimpolizeilichen Überwachung zum großen Teil verborgen bleiben mussten. Die beiden konnten erreichen, dass 1943 ein Ökumene-Referat der Bischofskonferenz eingerichtet wurde, dessen Leitung Jaeger und dem Wiener Kardinal Innitzer übertragen wurde. Noch im letzten Kriegsjahr begannen theologische Vorarbeiten für Gespräche mit der protestantischen Seite, an denen u. a. Karl Rahner, Romano Guardini und Michael Schmaus beteiligt waren.

Aus diesen Vorarbeiten ging 1946 der sog. Jaeger-Stählin-Kreis hervor (Ökumenischer Arbeitskreis evangelischer und katholischer Theologen), in dem bis heute das Gespräch mit evangelischen Theologen gepflegt wird. Zu seinen Mitgliedern gehörten bzw. gehören u. a. Wolfhart Pannenberg, Karl Lehmann, Joseph Ratzinger und Eduard Lohse. Paderborn wurde (ähnlich wie Wien für das Gespräch mit der Orthodoxie) zu einer Werkstatt des Dialogs mit dem Protestantismus. Jaeger war schließlich an der Initiative zur Gründung des vatikanischen Einheitssekretariates und an dessen Konzeption entscheidend beteiligt (1960). Unterstützt vom Prof. DDr. Eduard Stakemeier, dem Direktor des Möhlerinstituts, kann er als einer der Väter des Ökumenismusdekretes des Zweiten Vatikanischen Konzils gelten. Wegen seines Einsatzes für die Einheit der Kirche wurde er 1966 in den Kardinalsrang erhoben.

Um die Begegnung der getrennten Christen zu fördern, wurde am 27. Januar 1956 der "Verein zur Förderung wissenschaftlicher Forschung auf dem Gebiet der Konfessions- und Diasporakunde" ins Leben gerufen. Hauptziel des Vereins war die Errichtung eines Institutes, das die Forschung auf dem Gebiet der ökumenischen Theologie vorantreiben sollte. Er wurde 1969 in "Verein zur Pflege wissenschaftlicher Forschung auf dem Gebiet der Ökumenik e. V." umbenannt.

Am 19. Januar 1957 wurde das Institut für Konfessions- und Diasporakunde von Erzbischof Lorenz Jaeger gegründet. Es trägt den Namen des Tübinger (später Münchener) Theologen Johann Adam Möhler (1796-1838), der katholischerseits die wissenschaftliche Erforschung der Lehrunterschiede zwischen den Konfessionen begründete. Der ursprüngliche Titel "Institut für Konfessions- und Diasporakunde" wurde 1966 umgewandelt in "Institut für Ökumenik". Es ist der Theologischen Fakultät Paderborn angegliedert.