Benannt wurde das Institut nach dem Tübinger Theologen Johann Adam Möhler (1796-1838), der katholischerseits die wissenschaftliche Erforschung der Lehrunterschiede zwischen den Konfessionen begründete. Er mied die damals übliche Polemik und bezog sich bei der Darstellung der Lehre der Reformationskirchen auf deren offizielle Bekenntnisschriften.